Publications of Christina Warinner

Scott, A.; Reinhold, S.; Hermes, T.; Kalmykov, A. A.; Belinskiy, A.; Buzhilova, A.; Berezina, N.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Guliyev, F. et al.; Lyonnet, B.; Gasimov, P.; Jalilov, B.; Eminli, J.; Iskandarov, E.; Hammer, E.; Nugent, S. E.; Hagan, R.; Majander, K.; Onkamo, P.; Nordqvist, K.; Shishlina, N.; Kaverzneva, E.; Korolev, A. I.; Khokhlov, A. A.; Smolyaninov, R. V.; Sharapova, S. V.; Krause, R.; Karapetian, M.; Stolarczyk, E.; Krause, J.; Hansen, S.; Haak, W.; Warinner, C.: Emergence and intensification of dairying in the Caucasus and Eurasian steppes. Nature Ecology & Evolution, s41559-022-01701-6 (2022)

Zhang, F.; Ning, C.; Scott, A.; Fu, Q.; Bjorn, R.; Li, W.; Wei, D.; Wang, W.; Fan, L.; Abuduresule, I. et al.; Hu, X.; Ruan, Q.; Niyazi, A.; Dong, G.; Cao, P.; Liu, F.; Dai, Q.; Feng, X.; Yang, R.; Tang, Z.; Ma, P.; Li, C.; Gao, S.; Xu, Y.; Wu, S.; Wen, S.; Zhu, H.; Zhou, H.; Robbeets, M.; Kumar, V.; Krause, J.; Warinner, C. G.; Jeong, C.; Cui, Y.: The genomic origins of the Bronze Age Tarim Basin mummies. Nature 599 (7884), s41586-021-04052-7, pp. 256 - 261 (2021)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

Wibowo, M. C.; Yang, Z.; Borry, M.; Hübner, A.; Huang, K. D.; Tierney, B. T.; Zimmerman, S.; Barajas-Olmos, F.; Contreras-Cubas, C.; García-Ortiz, H. et al.; Martínez-Hernández, A.; Luber, J. M.; Kirstahler, P.; Blohm, T.; Smiley, F. E.; Arnold, R.; Ballal, S. A.; Pamp, S. J.; Russ, J.; Maixner, F.; Rota-Stabelli, O.; Segata, N.; Reinhard, K.; Orozco, L.; Warinner, C.; Snow, M.; LeBlanc, S.; Kostic, A. D.: Reconstruction of ancient microbial genomes from the human gut. Nature 594 (7862), s41586-021-03532-0, pp. 234 - 239 (260) (2021)

Fellows Yates, J. A.; Velsko, I. M.; Aron, F.; Posth, C.; Hofman, C. A.; Austin, R. M.; Parker, C. E.; Mann, A. E.; Nägele, K.; Arthur, K. W. et al.; Arthur, J. W.; Bauer, C. C.; Crevecoeur, I.; Cupillard, C.; Curtis, M. C.; Dalén, L.; Díaz-Zorita Bonilla, M.; Fernández-Lomana, D.; Carlos, J.; Drucker, D. G.; Escribano Escrivá, E.; Francken, M.; Gibbon, V. E.; Morales, G.; R., M.; Grande Mateu, A.; Harvati, K.; Henry, A. G.; Humphrey, L.; Menéndez, M.; Mihailović, D.; Peresani, M.; Rodríguez Moroder, S.; Roksandic, M.; Rougier, H.; Sázelová, S.; Stock, J. T.; Straus, L. G.; Svoboda, J.; Teßmann, B.; Walker, M. J.; Power, R. C.; Lewis, C. M.; Sankaranarayanan, K.; Guschanski, K.; Wrangham, R. W.; Dewhirst, F. E.; Salazar-García, D. C.; Krause, J.; Herbig, A.; Warinner, C.: The evolution and changing ecology of the African hominid oral microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 (20), e2021655118, pp. 1 - 11 (2021)

Taylor, W. T. T.; Pruvost, M.; Posth, C.; Rendu, W.; Krajcarz, M. T.; Abdykanova, A.; Brancaleoni, G.; Spengler, R.; Hermes, T.; Schiavinato, S. et al.; Hodgins, G.; Stahl, R.; Min, J.; Alisher kyzy, S.; Fedorowicz, S.; Orlando, L.; Douka, K.; Krivoshapkin, A.; Jeong, C.; Warinner, C.; Shnaider, S.: Evidence for early dispersal of domestic sheep into Central Asia. Nature Human Behaviour, s41562-021-01083-y (2021)

Orlando, L.; Allaby, R.; Skoglund, P.; Sarkissian, C. D.; Stockhammer, P. W.; Ávila-Arcos, M. C.; Fu, Q.; Krause, J.; Willerslev, E.; Stone, A. C. et al.; Warinner, C. G.: Ancient DNA analysis. Nature reviews: Methods primers 1 (14), s43586-020-00011-0 (2021)

Rampelli, S.; Turroni, S.; Mallol, C.; Hernandez, C.; Galván, B.; Sistiaga, A.; Biagi, E.; Astolfi, A.; Brigidi, P.; Benazzi, S. et al.; Lewis, C. M.; Warinner, C.; Hofman, C. A.; Schnorr, S. L.; Candela, M.: Components of a Neanderthal gut microbiome recovered from fecal sediments from El Salt. Communications Biology 4 (1), 169, pp. 1 - 10 (2021)

Fellows Yates, J. A.; Andrades Valtueña, A.; Vågene, A. J.; Cribdon, B.; Velsko, I. M.; Borry, M.; Bravo-López, M. J.; Fernandez-Guerra, A.; Green, E. J.; Ramachandran, S. L. et al.; Heintzman, P. D.; Spyrou, M. A.; Hübner, A.; Gancz, A. S.; Hider, J.; Allshouse, A. F.; Warinner, C.: Community-curated and standardised metadata of published ancient metagenomic samples with AncientMetagenomeDir. Scientific Data 8 (1), 31, pp. 1 - 8 (2021)

Scott, A.; Power, R. C.; Altmann-Wendling, V.; Artzy, M.; Martin, M. A. S.; Eisenmann, S.; Hagan, R.; Salazar-García, D. C.; Salmon, Y.; Yegorov, D. et al.; Milevski, I.; Finkelstein, I.; Stockhammer, P. W.; Warinner, C.: Exotic foods reveal contact between South Asia and the Near East during the second millennium BCE. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 (2), 202014956, pp. 1 - 10 (2021)

Jeong, C.; Wang, K.; Wilkin, S.; Taylor, W. T. T.; Miller, B. K.; Bemmann, J. H.; Stahl, R.; Chiovelli, C.; Knolle, F.; Ulziibayar, S. et al.; Khatanbaatar, D.; Erdenebaatar, D.; Erdenebat, U.; Ochir, A.; Ankhsanaa, G.; Vanchigdash, C.; Ochir, B.; Munkhbayar, C.; Tumen, D.; Kovalev, A.; Kradin, N.; Bazarov, B. A.; Miyagashev, D. A.; Konovalov, P. B.; Zhambaltarova, E.; Ventresca Miller, A. R.; Haak, W.; Schiffels, S.; Krause, J.; Boivin, N. L.; Erdene, M.; Hendy, J.; Warinner, C. G.: A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia’s eastern steppe. Cell 183 (4), pp. 890 - 904.e29 (2020)

Hernández-Hernández, O.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Barquera, R.; Warinner, C. G.; López-Gil, C.; Arrieta-Bolaños, E.; Clayton, S.; Bravo-Acevedo, A.; la Cruz, F. d. R. R.-d.; Méndez-Mani, P. et al.; de Pavón-Vargas, M. l. Á.; Zúñiga, J.; Yunis, E. J.; Bekker-Méndez, C.; Granados, J.: Genetic diversity of HLA system in two populations from Oaxaca, Mexico: Oaxaca city and rural Oaxaca. Human Immunology 81 (9), pp. 553 - 556 (2020)

Fagernäs, Z.; García-Collado, M. I.; Hendy, J.; Hofman, C. A.; Speller, C.; Velsko, I. M.; Warinner, C.: A unified protocol for simultaneous extraction of DNA and proteins from archaeological dental calculus. Journal of Archaeological Science 118, 105135, pp. 1 - 11 (2020)

Skourtanioti, E.; Erdal, Y. S.; Frangipane, M.; Balossi Restelli, F.; Yener, K. A.; Pinnock, F.; Matthiae, P.; Özbal, R.; Schoop, U.-D.; Guliyev, F. et al.; Akhundov, T.; Lyonnet, B.; Hammer, E. L.; Nugent, S. E.; Burri, M.; Neumann, G. U.; Penske, S. E.; Ingman, T.; Akar, M.; Shafiq, R.; Palumbi, G.; Eisenmann, S.; D’Andrea, M.; Rohrlach, A. B.; Warinner, C.; Jeong, C.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Krause, J.: Genomic history of Neolithic to Bronze Age Anatolia, Northern Levant, and Southern Caucasus. Cell 181 (5), 2020.04.044, pp. 1158 - 1175.e28 (2020)

Borry, M.; Cordova, B.; Perri, A.; Wibowo, M.; Honap, T. P.; Ko, J.; Yu, J.; Britton, K.; Girdland-Flink, L.; Power, R. C. et al.; Stuijts, I.; Salazar-García, D. C.; Hofman, C.; Hagan, R.; Kagoné, T. S.; Meda, N.; Carabin, H.; Jacobson, D.; Reinhard, K.; Lewis, C.; Kostic, A.; Jeong, C.; Herbig, A.; Hübner, A.; Warinner, C.: CoproID predicts the source of coprolites and paleofeces using microbiome composition and host DNA content. PeerJ, 8:e9001 (2020)

Wilkin, S.; Ventresca Miller, A.; Taylor, W. T. T.; Miller, B. K.; Hagan, R.; Bleasdale, M.; Scott, A.; Gankhuyg, S.; Ramsøe, A.; Uliziibayar, S. et al.; Trachsel, C.; Nanni, P.; Grossmann, J.; Orlando, L.; Horton, M.; Stockhammer, P. W.; Myagmar, E.; Boivin, N.; Warinner, C.; Hendy, J.: Dairy pastoralism sustained eastern Eurasian steppe populations for 5,000 years. Nature Ecology & Evolution 4 (3), pp. 346 - 355 (2020)

Hagan, R.; Hofman, C. A.; Hübner, A.; Reinhard, K.; Schnorr, S.; Lewis Jr, C. M.; Sankaranarayanan, K.; Warinner, C. G.: Comparison of extraction methods for recovering ancient microbial DNA from paleofeces. American Journal of Physical Anthropology 171 (2), ajpa.23978, pp. 275 - 284 (2020)

Hübler, R.; Key, F. M.; Warinner, C. G.; Bos, K. I.; Krause, J.; Herbig, A.: HOPS: Automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains. Genome Biology 20 (n/a), 280 (2019) (2019)

Geber, J.; Tromp, M.; Scott, A.; Bouwman, A.; Nanni, P.; Grossmann, J.; Hendy, J.; Warinner, C. G.: Relief food subsistence revealed by microparticle and proteomic analyses of dental calculus from victims of the Great Irish Famine. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116 (39), pp. 19380 - 19385 (2019)

Velsko, I. M.; Fellows Yates, J. A.; Aron, F.; Hagan, R.; Frantz, L. A. F.; Loe, L.; Martinez, J. B. R.; Chaves, E.; Gosden, C.; Larson, G. et al.; Warinner, C. G.: Microbial differences between dental plaque and historic dental calculus are related to oral biofilm maturation stage. Microbiome 7 (1), 102 (2019)